Fils d'Owen (Eugène) O'Mahony, gentilhomme au comté de Kerry, établi à Knockavola, proscrit comme catholique, et d'Eleanor FitzMaurice, il est le frère aîné de Michel (père de Barthélemy), de Castle Island. Son père l'envoie en France où il fait ses études à l’une des cinq écoles des irlandais (celle de Paris étant rue des Irlandais près du Panthéon) que la France, terre d’accueil des étrangers catholiques persécutés, avait mis à disposition des enfants de ces derniers. Le but de ces écoles était de former des prêtres. Ceux qui ne montraient pas de dispositions dans ce sens recevaient une formation d'officier ou de médecin.

Il habitait déjà à Paris en 1734, comme nous l'apprend le testament de son père, daté du 28 mars dans lequel il écrit : je veux et ordonne la somme de six cents livres sterlings, pour mon obéissant et chèrement aimé fils Barthélemy Ô Mahony, actuellement demeurant dans la ville de Paris dans le royaume de France, outre ce que son éducation m'a coûté. Il coiffa le bonnet de médecin de la Faculté de Reims en 1737.

Il fut reconnu noble par le juge d'armes de France le 4 janvier 1750.

On ignore en quelle année il s'est marié, mais son épouse Marie-Josèphe O'Brenan est décédée de maladie en 1751. Sans enfant, ses héritiers sont ses cousins O'Nugent et Geoghean. Le couple louait alors à la veuve Richard pour 400# par an, rue des Francs-Bourgeois, paroisse Saint-Côme, un petit appartement composé d'une cuisine au premier étage ayant vue sur la cour, une antichambre au second étage ayant vue sur la cour, une chambre servant de salle de compagnie ayant vue sur la rue, une chambre ensuite ayant vue sur la rue (où est décédée la dame de Mahony), le cabinet du sieur de Mahony étant en suite de la chambre. Il y avait aussi une cave contenant du vin et du bois. L'inventaire après décès du 8 février ne nous apprend pas grand chose : 336# de "deniers comptant", ni meubles ou bijoux de valeur, un peu d'argenterie, quelques quittances dans les papiers, cinq estampes et un seul portrait de famille (tableau oval dans une bordure de bois doré), des dettes auprès de Michel O'Mahony, frère du docteur (1 200#), du chevalier O'Sullivan (500#), de Mre de Geoghean, cousin de la défunte (800#). Le couple avait une domestique à son service.

Nous voyons par cet inventaire, qu'il est en 1751 "médecin ordinaire du roi d'Angleterre et de S.A.R. le prince de Galles". Le premier est Jacques François STUART (1688-1766), fils du roi Jacques II mort au château de Saint-Germain-en-Laye en 1701, et son successeur proclamé roi "Jacques III d'Angleterre et d'Irlande et VIII d'Écosse" le 16 septembre 1701 au dit château où il vivait avec sa cour composée principalement d'Ecossais, d'Irlandais et d'Anglais qui le reconnaissaient comme leur souverain. Le second est son fils Charles Edouard STUART (1720-1788), "Prince de Galles, Prince Régent et Lieutenant des Royaumes", qui se réfugia en France en 1746 après sa défaite à la bataille de Culloden, et en fut expulsé en 1748 suite au traité d'Aix-La-Chapelle qui met fin à la guerre. A cet époque le Roi et le prince de Galles ne sont donc plus en France et cette charge de médecin, qui ne doit pas lui donner beaucoup de travail, doit néanmoins être assortie d'une pension.

Dans une lettre au comte Walsh-Serrant, datée à Rome, le 12 août 1766, le prince de Galles écrit "I have received your letter in favour of D^r Mahony. You may easily beleive what weight your recommendation would have had with me, had it been possible for me to have gratified him with the title he asks. I have a value for him, and am persuaded of his worth. But many of my subjects of superiour merit would have claimed the same mark of distinction, and which the present situation of my affairs makes me unwilling to grant." Nous ne savons malheureusement pas de quel titre il s'agit.

Le 21 avril 1768 Barthélemy Joseph obtient ses lettres de naturalité.

Sur cette lettre de Naturalité, il est qualifié "Docteur en médecine, médecin du feu Roi d'Angleterre et de Charles Edouard prince de Galles" et "Actuellement docteur de la faculté de médecine de Reims". Il exercait néanmoins à Paris.

Le 25 avril 1769 le Roi lui accorde un brevet de médecin consultant et à partir de 1771, L'Almanach royal le cite comme un des huit médecins consultants du Roy : Mahony, écuyer, docteur en médecine de Reims, rue de Tournon (1771), Mahony, écuyer, docteur en médecine, rue de Tournon (1772 p.xcii, 1773 p.441, 1774 p.448, 1775 p.478). Dans celui de 1775 il est également cité (p.479), dans la liste des médecins de Monsieur : Mahony, écuyer, docteur en médecine, Médecin de l'Ecurie, rue de Tournon. Il en avait reçu le brevet le 1er avril 1771. Bien que décédé fin 1775, son nom apparait toujours dans celui de 1776 (p.514), car l'impression se faisait au mois d'octobre précédent. Les médecins consultants, apointés à 9000 livres chacun, étaient : Poissonnier, conseiller d'Etat; Richard de Hautesierck; Ninin, le premier traducteur de Celse; Pomme, le médecin des affections vaporeuses; Thierry; Gatti (de Pise); le comte de Carbury (de Turin) et un sieur Mahony, lequel, sans aucun titre que celui d'écuyer, était en guerre de brochures avec la Faculté.

En effet, Barthélemy Joseph eut des démêlés avec la Faculté de Paris où seuls pouvaient exercer les médecins de la faculté de Paris et ceux des maisons du roi, de la reine, enfants de France et princes du sang.
La Faculté de médecine de Paris eut souvent l'occasion de s'opposer à l'exercice de la médecine à Paris par des docteurs étrangers. Le sieur Mahony était gentilhomme irlandais et avait le brevet de médecin de Jacques III, roi d'Angleterre, et de médecin du Prince de Galles. Il avait reçu le bonnet de docteur à Reims en 1737, à titre d'étranger. Depuis lors il était venu pratiquer à Paris, y jouissait de la considération générale, et consultait même parfois, ce qui était irrégulier, avec des docteurs régents. Toutefois il prenait grand soin de ne pas signer ses ordonnances, ce qui fut un élément d'attaque pour ses ennemis. Il aurait continué tranquillement sa pratique jusqu'à son dernier jour, s'il n'eût eu la facheuse idée de poursuivre au Châtelet, en paiement d'honoraires, les demoiselles Moisy comme héritières de la demoiselle Lémery qu'il avait longtemps soignée. Les héritières peu désireuses de payer, comme cela arrive souvent en pareil cas, adressèrent à la Faculté de Paris des plaintes d'abord peu écoutées mais qui se renouvelèrent si souvent que la Faculté arrêta par décret que le sieur Mahony serait assigné à la Chambre de Police pour exercice illégal de la médecine. Mahony employa tous ses moyens pour retarder le jugement et crut en trouver un décisif dans le brevet qu'il obtint de médecin consultant du Roi. L'affaire devenait immédiatement plus grave pour la Faculté. Néanmoins elle la poursuivit et plaida que la qualité de médecin consultant non appointé ne plaçait pas Mahony dans la catégorie des médecins qui pouvaient exercer d'après l'article 74 des Statuts. De plus il était dit dans l'article 34 de l'édit de 1707, relatif à l'exercice de la médecine dans tout le royaume par les médecins du Roi, que mention devait être faite dans la provision délivrée aux Médecins du Roi de leurs grades dûment obtenus dans une des Universités du Royaume, à peine de nullité. Or, Mahony n'avait pas de grade dûment obtenu à la Faculté de Reims puisqu'il n'avait été reçu que comme docteur à titre étranger. Ce procès eut lieu en 1770, sous le décanat de Le Thieullier, Joly de Fleury étant avocat général, Cochu avocat et Thomazon procureur de la Faculté. (Commentaires de la faculté de médecine de Paris, 1777 à 1786, volume 2 p 254 Gallica)
En conséquence, un arrêt du 5 mai 1770 a fait défense à Barthélemy d'exercer à Paris. En réponse, Barthélemy écrit un Mémoire contre la Faculté de Paris. (Collection de décisions nouvelles et de notions relatives à la jurisprudence actuelle, volume 3, par Jean-Baptiste Denisart.)

Le docteur O'Mahony était, dit-on, très actif à recevoir ses compatriotes irlandais. On a le témoignage de Daniel O'Connel (plus tard parrain d'Arsène puis de sa fille Monique) qui écrit à son frère une lettre daté de Paris, le 30 janvier 1775, à la fin de laquelle il précise : " Mon adresse : chez M. de Mahony, Médecin du Roi, rue de Tournon à Paris." Il faisait souvent référence à lui et à son ami le chevalier O'Mahony, comme dans cette même lettre où il écrit :" Le docteur Mahony et son neveu désirent être très respectueusement rappelés à vous et votre famille. Faites mention d'eux deux dans vos lettres car j'ai les plus grandes obligations pour le docteur et son neveu, mon ami de coeur." Un autre courrier du même au même, daté de Cork le 7 mars 1776 nous apprend qu'il était soigné par Barthémy : "Mon bras me fait toujours souffrir, et j'ai peur que cela n'empire avant que je n'ai loisir de suivre la prescription de ce pauvre docteur Mahony."

Le 29 mars 1775, le docteur O'Mahony remet à son neveu Barthélemy un testament olographe ainsi rédigé :
"Mon très cher neveu, je vous remet ce papier où vous trouverez en peu de mots mes dispositions en votre faveur par lesquelles je vous déclare mon seul et unique légateur universel sans que vous soyez responsable à personne ni dans la nécessité de rendre compte à personne de tout ce que je pense avoir après ma mort. Je vous exhorte d'avoir toujours avant vos yeux l'amour et la crainte de Dieu. Soyez toujours honnête homme que l'honneur et la probité soient vos guides. En cas que je ne puisse donner à madame Missier trois mille livres avant ma mort, je vous engage de lui donner cette somme et en outre j'exige de vous de les placer sur sa tête pour lui faire une rente viagère qu'elle ajoutera aux deux cents livres de rente viagère qu'elle a de moi provenant de deux mille livres dont je lui ai fait présent et qu'elle a mise chez Maitre Bxo notaire. En outre je vous recom cette dame son lit, chaise et elle recevra de vous de rechef. Je vous la recommande. Je compte sur votre sincérité. Cette déclaration en votre faveur suffira en attendant que je puisse l'écrire en meilleure forme. A Paris ce 29 mai 1775."

Barthélemy déposa cette pièce chez maître Trutat, notaire à Paris, le 29 novembre suivant, lendemain du décès de son oncle :
"Aujourd'hui est comparu devant les notaires à Paris soussignés, Mre Barthélemy de Mahony, chevalier non profès de l'ordre de St Jean de Jérusalem, capitaine au régiment irlandais de Berwick, demeurant chez M. de Mahony son oncle ci-après nommé, à l'hôtel de Valois, rue de Tournon, paroisse Saint-Sulpice,
Lequel a requis Me Trutat, l'un des notaires soussignés, de mettre au rang des minutes du dit jour un acte fait par Mre Barthélemy Joseph de Mahony, écuyer, son oncle, premier médecin du feu Roi d'Angleterre Jacques trois et de son fils Charles trois, médecin consultant du Roi et de Monsieur, frère du Roi, contenant diverses dispositions de dernières volontées, datées à Paris du vingt neuf mai de la présente année, écrit daté et signé de la main du dit Sr de Mahony, décédé le jour d'hier au dit hôtel de Valois, paroisse Saint-Sulpice, qui le lui avait remis immédiatement après sa date, le tout ainsi que monsieur comparant le déclare, étant observé que le dit acte est écrit sur la première page d'une feuille de papier à lettre, qu'il commence en haut de la dite page par ces mots, mon très cher neveu je vous remets ce papier, en fin au bas de la dite page par la date en chiffre et la signature Barth. Jos. de Mahony Md," (...)

Un inventaire après décès eut lieu le lundi 4 décembre 1775 à 8 heures du matin, "à la requête de Mre Bathélemy de Mahony, chevalier non profes de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem, capitaine au régiment irlandais de Berwick, demeurant à l'hôtel de Valois, rue de Tournon, paroisse Saint-Sulpice, seul naturalisé ainsi qu'il le déclare et en conséquence habile à se dire et porter seul et unique héritier quant à l'immobilier de Mre Barthélemy Joseph de Mahony, écuyer, premier médecin de feu Roi d'Angleterre Jacques III, et de son fils Charles III, médecin consultant du Roi et de Monsieur frère du Roi, décédé, oncle du Sr de Mahony habile à se dire et porter son légataire universel aux termes de son testament olographe daté à Paris du 29 mai dernier, contrôlé à Paris, déposé à Me Trutat, l'un des notaires soussignés". Il durera 3 jours.

Cet inventaire permet d'imaginer le cadre de vie du docteur O'Mahony et donne des détails tels que le montant du loyer (600 livres par an), les noms des deux domestiques à son service, la description de l'appartement et de son contenu, etc. (voir ici).

Barthélemy dut quitter l'hôtel de Valois après le décès de son oncle. Il déménagea alors rue du Regard, comme nous l'apprend la procuration que fit le 16 janvier suivant Mre Barthélemy de Mahony, chevalier non professe de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem, capitaine au régiment irlandais de Berwick seul et unique héritier de feu Mre Barthélemy Joseph de Mahony, son oncle. Il instituait alors Mre Lionel Guillaume Le Blanc de Lisle son procureur général et spécial pour régler la succession (AN cote MC/ET/LVIII/475).